Os Estatutos da nova Agência para o Desenvolvimento e Coesão I.P. foram aprovados pela Presidência do Conselho de Ministros e pelo Ministério das Finanças e publicados em Portaria no Diário da República (Portaria n.º 351/2013 D.R. n.º 235, Série I de 2013-12-04).
A Agência para o Desenvolvimento e Coesão I.P. estrutura-se nas seguintes Unidades Orgânicas e Núcleos (estes últimos na dependência hierárquica e funcional do Conselho Diretivo da Agência, I.P):
- Unidade de Gestão Institucional;
- Unidade de Sistemas de Informação;
- Unidade de Política Regional;
- Unidade de Avaliação e Monitorização Estratégica;
- Unidade de Coordenação FEDER e Fundo de Coesão;
- Unidade de Coordenação FSE;
- Unidade de Certificação;
- Unidade de Gestão Financeira;
- Unidade de Controlo e Auditoria.
- Núcleo de Apoio Jurídico e de Contencioso;
- Núcleo de Planeamento e Gestão da Qualidade;
- Núcleo de Comunicação e Documentação.
Lembramos que a orgânica desta estrutura da Administração Central, estabelecida no Decreto-Lei n.º 140/2013, de 18 de outubro, determina que, no sentido de "reforçar os mecanismos de alinhamento entre a programação e aplicação dos fundos europeus e a programação orçamental plurianual" é criada a "Agência para o Desenvolvimento e Coesão, I.P. enquanto responsável pela coordenação da política estrutural e de desenvolvimento regional cofinanciada pelos fundos europeus, garante uma maior coordenação das opções de macroprogramação financeira, bem como um reforço da racionalidade económica e da sustentabilidade financeira dos investimentos cofinanciados."
A Agência, assume as atribuições e competências que atualmente são exercidas pelo Instituto Financeiro para o Desenvolvimento Regional, I.P. (IFDR, I.P.), pelo Instituto de Gestão do Fundo Social Europeu, I.P. (IGFSE, I.P.), e pela estrutura de missão Observatório do QREN.
